وفي الوقت نفسه، أدى الاعتماد على الوقود الأحفوري إلى تسريع أزمة أخرى، وهي تدهور جودة الهواء في المدن. ووفقاً لمنظمة IQAir، غالباً ما تكون تركيزات الجسيمات الدقيقة في إندونيسيا أعلى بست مرات من الإرشادات السنوية لمنظمة الصحة العالمية. وفي مراكز حضرية مثل جاكرتا، لا يزال قطاع النقل أحد الأسباب الرئيسية لهذه المشكلة.